Já haviam passados dois  meses desde o incidente ocorrido na mansão, onde o T-Virus se espalhara por todos os seus moradores. O caso tentou ser encoberto, mas alguma coisa deu errado... Agora, dentro de Raccoon City, coisas estranhas começaram a acontecer. Os hospitais começaram a receber pessoas com uma doença estranha, onde suas peles apresentavam várias manchas e feridas. Rapidamente, as feridas iam se espalhando por todo o corpo do indivíduo, até ele perder a consciência, e alguns, aparentemente, morrer.

       Sim, de alguma forma o vírus chegara à cidade, e estaria se espalhando rapidamente. Pessoas e mais pessoas estavam ficando infectadas, até que algo aconteceu com elas. Sem explicação, as pessoas começaram a perder, junto com sua consciência, os seus sentimentos, e tudo que os caracterizavam como seres humanos. Com seus corpos todos deformados, começaram a correr atrás dos cidadãos de Raccoon City. Estava acontecendo o mesmo que aconteceu com os moradores da mansão, estavam todos se transformando em zumbis, sedentos por sangue. Nada escapava do vírus, nem cachorros, nem aves, nada... A cidade estava ficando repleta de mortos-vivos, quando a polícia local de Raccoon City resolver agir... Juntou forças com o exército da Umbrella e armaram um esquadrão para exterminar todos os zumbis da cidade e salvar os civis não infectados. Mas os zumbis já eram a grande maioria, e grande parte do esquadrão não conseguiu sobreviver. Era a última chance de Raccoon City, e nada estava dando certo. Seria também a última chance de sobrevivência de Jill Valentine, integrante do grupo S.T.A.R.S. da polícia de Raccoon City, que não se sabe como, não fora atingida pelo Vírus. Mas acontece, que no meio dos mercenários, um não estaria com boas intensões, e acabaria traindo todo o grupo, e a própria Jill. Além disso, o S.T.A.R.S. Team, desde o ocorrido na mansão, já incomodavam muito o pessoal da Umbrella, pois eles sabiam demais. Mandaram então para a cidade uma arma biológica mutável de grande poder destrutivo, que fora batizado de Nemesis. Armado muitas vezes com um lança-míssil, foi programado para encontrar e matar todos os membros do S.T.A.R.S. Talvez o inimigo mais difícil de todos os Resident Evil. Aparece sempre do nada, e se você não for hábil, acaba com a festa rapidamente. Mas era a última chance de Jill, e ela não desistiria... ele nunca os deixariam vencer.